結局、1プロジェクトをビルドするときにテストプロジェクトも同時ビルド、さらにテスト用swfを実行というのはあんまり良く無かったです。
FlashDevelopを複数起動可能にして、メインプロジェクトとテストプロジェクトをそれぞれ開いて必要な時にビルドすれば良いです。これはこれで、設定を変えると全部再起動、再オープンが必要だったりで、めんどうなことがちらほら。そもそもEclipseのごとく複数プロジェクト開ければいいんですけどね...。
そういえば、FlashDevelopのFlexUnit用プラグインは特に見当たりませんでした。
